Unter bestimmten Umständen ist es möglich, die beiden Förderprogramme zu kombinieren, aber nur in seltenen Fällen ist dies sinnvoll. Es ist nicht erlaubt, dieselbe Maßnahme nach verschiedenen BEG-Richtlinien zu fördern. Bei einer Kombination darf außerdem die Höchstgrenze der förderfähigen Kosten nicht überschritten werden, die bei BEG WG bis zu 150.000 Euro pro Wohneinheit beträgt.
Ein Szenario, in dem eine Kombination möglich wäre, ist, wenn bereits ein KfW-Kredit für die Modernisierung zum Effizienzhaus nach BEG WG genehmigt wurde und man sich nachträglich für den zusätzlichen Einbau einer Lüftungsanlage entscheidet.
Die Kombination der BEG mit anderen Förderungen, z. B. von der Landesregierung, ist bis zu einer maximalen Förderquote von 60 Prozent erlaubt.
Wenn eine Bundesförderung in Anspruch genommen wird, entfällt die Möglichkeit einer steuerlichen Förderung energetischer Gebäudesanierungen. Es können jedoch unterschiedliche Förderungen für verschiedene Maßnahmen in Anspruch genommen werden, selbst wenn sie dieselbe Wohneinheit betreffen.